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发布于 2026-09-09 / 0 阅读
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医学成像 TP2:基于深度学习的非笛卡尔 MRI 重建

实验背景与目标

本实验探索深度学习方法在非笛卡尔MRI采样下的图像重建性能。传统MRI采集使用笛卡尔网格在k空间进行采样,而非笛卡尔采样(如螺旋、径向、锥形轨迹)能够实现更快的数据采集速度,但重建算法更加复杂。实验分为两部分:第一部分研究UNet网络在不同采样轨迹下的重建效果;第二部分研究螺旋采样在不同加速因子下的重建质量,并探讨密度补偿对重建效果的影响。

UNet非笛卡尔MRI重建实验

图像域学习的理论框架

图像域学习的处理流程为:k空间数据首先通过伴随算子 \mathcal{A}^H 映射到图像空间得到初始估计 x_0 = \mathcal{A}^H y,然后利用深度神经网络进行去伪影处理。本实验采用UNet作为图像校正网络,其编码器-解码器结构配合跳跃连接能够在多个尺度上提取特征并恢复细节。

对于非笛卡尔采样,测量模型为:

y_\ell = \mathcal{F}_\Omega S_\ell x + \epsilon

其中 x \in \mathbb{C}^N 是待重建的MRI图像,\mathcal{F}_\Omega 是沿轨迹 \Omega 的非均匀傅里叶变换算子,S_\ell 是第 \ell 个线圈的灵敏度对角矩阵,y_\ell 是对应线圈的k空间测量数据。由于非笛卡尔采样点不在规则网格上,前向和伴随变换均需通过NUFFT算法实现。

图像域学习的优势在于结构简单且推理速度快,但欠采样导致的混叠伪影在空间上广泛分布,网络需要足够大的感受野来捕捉远距离的伪影关联。本实验使用FastMRI数据集进行训练,网络学习从伴随NUFFT重建的混叠图像到清晰图像的映射关系。

不同采样轨迹的影响

实验测试了三种非笛卡尔采样轨迹,每种轨迹使用32条射线,每条射线256个采样点,训练100个epoch。

2D Cones轨迹重建结果(100 epochs)

2D Cones轨迹呈波浪形从中心向外扩展,在k空间中提供了良好的覆盖均匀性。训练过程中损失函数从1.0平滑下降至0.05,重建图像清晰度良好,脑部结构细节得到较好保留。这种轨迹的优势在于中心区域采样密度高,能够捕获图像的主要能量信息。

2D Spiral轨迹重建结果(100 epochs)

2D Spiral轨迹呈阿基米德螺旋形状从中心向外旋转扩展。在三种轨迹中,螺旋轨迹实现了最佳的重建质量。损失函数从0.8下降至0.03,收敛速度最快且最终损失最低。重建图像的对比度和细节清晰度均优于其他两种轨迹。螺旋轨迹的优势在于采样效率高,能够在较短时间内覆盖整个k空间,且采样密度分布较为均匀。

2D Radial轨迹重建结果(100 epochs)2D Radial轨迹由从中心向外辐射的直线组成,类似于车轮的辐条。训练损失从1.1下降至0.05,但重建图像整体较亮,边缘有伪影。径向轨迹的问题在于k空间外围区域采样密度较低,导致高频信息丢失,产生Gibbs振铃伪影。

训练轮数的影响

使用2D Cones轨迹对比了10个epoch和100个epoch的训练效果。10个epoch训练时,损失曲线呈现波动趋势,表明网络尚未充分学习到从欠采样图像到清晰图像的映射关系。而在执勤啊的100个epoch训练时,损失曲线平滑下降并趋于稳定,网络参数得到充分优化。

2D Cones轨迹重建结果(10 epochs)

从重建图像观察,100个epoch训练的结果更加清晰,过少的训练会导致网络欠拟合。

螺旋采样不同加速因子实验

实验配置

本实验使用deepinv库的SimpleFastMRISliceDataset例子,通过mri-nufft库生成2D螺旋采样轨迹,测试加速因子 AF = 4, 8, 16 对重建质量的影响。加速因子定义为:

AF = \frac{N_{full}}{N_{acquired}}

其中 N_{full} 是全采样所需的k空间点数,N_{acquired} 是实际采集的点数。螺旋线数量与加速因子的关系为 N_{shots} = N_{image}/AF,其中 N_{image} = 128 是图像边长。因此 AF=4 时有32条螺旋线,AF=8 时有16条,AF=16 时有8条。

密度补偿的原理

非笛卡尔采样中k空间采样点的分布是不均匀的。螺旋轨迹在k空间中心采样密度高,外围采样密度低。如果直接使用伴随NUFFT进行重建会导致k空间中心区域被过度加权,产生严重的低频偏置和图像模糊。因此后续加入了密度补偿,重建效果得到改善。

实验比较

对于其他几种深度学习算法,例如展开网络、即插即用在非笛卡尔(螺旋)数据采集上的表现,我们没有做...

实验结果
加速因子 螺旋线数量 总采样点数 无DCF PSNR 有DCF PSNR
4 32 8192 4.82 dB 8.38 dB
8 16 4096 4.85 dB 8.56 dB
16 8 2048 5.34 dB 10.41 dB

PSNR计算公式为:

PSNR = 10 \log_{10} \frac{MAX^2}{MSE}

其中 MAX 是图像最大像素值,MSE 是重建图像与参考图像之间的均方误差。

螺旋采样不同加速因子重建结果对比

结果分析

无DCF重建的图像比较模糊,加入密度补偿DCF后,图像对比度明显改善,细节得到恢复,且PSNR得到提升

从图像质量来看,AF=4 时重建效果最好,随着 AF 增大至16,虽然PSNR数值略高,但图像出现更多噪声颗粒,这是因为DCF在补偿高频区域时同时放大了噪声。

实验结论

UNet深度学习重建实验表明,采样轨迹的选择对重建质量有显著影响。螺旋轨迹由于其均匀的k空间覆盖特性,在三种测试轨迹中表现最佳。径向轨迹虽然对运动伪影具有鲁棒性,但在静态重建中存在边缘伪影问题。训练轮数方面,较多的epoch能够使网络更充分地学习重建映射,获得更好的细节恢复能力。

螺旋采样加速实验表明,密度补偿是非笛卡尔MRI重建的必要步骤,能够有效校正采样密度不均匀导致的图像模糊,若想要获得更高的重建图像质量,需要使用深度学习方法(如展开网络NC-PDNet、即插即用PnP方法)来实现高质量的加速MRI重建。


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